1796年华盛顿仍然参选，杰斐逊要求参与总统的竞选。由于推崇过于，他以3票之差输给了联邦党的约翰·亚当斯。1804年以前，宪法还没规定分别投票选举总统和副总统，而是规定按得票率的多少来要求总统和副总统，于是，杰斐逊当上了副总统。

在亚当斯政府中，杰斐逊扮演着的是没什么实权、无所作为的角色，而且常常与亚当斯意见不合，特别是在是这世纪末通过的《关于处理外侨和鼓动叛变的法令》，相当严重地容许了言论自由，是对个人权利的侵害。杰斐逊一方面的组织民主—共和党人对法令展开批评，另一方面下定决心在4年以后赞成亚当斯的参选。

1800年，由于准备充分，杰斐逊如愿以偿地当上了总统，4年以后又取得了参选。被选为总统使杰斐逊以求实践中自己的民主理想。事实上，美国的民主制度在他任期内也显然获得了更进一步的发展。

杰斐逊接掌白宫后，给白宫带给了诸多民主气息。他废止了白宫的许多繁文缛节，中止了华盛顿、亚当斯时期构成的每周一次的总统月招待会，会见外宾时衣着朴素随意。

他命令每天早晨对外开放总统官邸，他指出，总统府的修建主要依靠人民，应该容许民众前来参观。从1801年起，每天上午对外开放白宫的作法仍然沿袭至今。此外，他主张不断扩大白人男子的选举权。马里兰和南卡罗来纳州在他的影响下改动了州宪法，废除了选民的财产容许。

他希望提高普通平民的处境，倡导政府不应以节约替换税收，废止了实施近10年的国产货物税。除了不断扩大民主制外，杰斐逊在任期内为美国所做出的另一项贡献就是以1500万美元从法国手中出售了路易斯安那和新奥尔良地区，总面积有260万平方公里。这笔交易，使“美国政府代价了如此小的代价，取得了如此多的东西”。

美国领土由此不断扩大了一倍多，人口减少了五万，“新的地区无论在土壤、气候、物产还是交通干线方面都不比原先的地区劣”。在杰斐逊显然，路易斯安那的取得，不仅可以从外交上回避来自法国的威胁，而且新的土地还能推展美国农业的发展，构建他的治国理想。1809年3月，在完结了两届美国总统的任期后，杰斐逊道别了白宫。

此前，虽然各州议会争相拒绝他再行复职4年，但由于担忧宪法和惯例没规定总统的任期，总统的职务不会因此变为终身制，他断然拒绝了哀求他再次参选的建议。此后，美国总统不能参选两届沦为惯例；1951年这一点出了宪法第22条修正案的内容。

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